Развитие в Восточной Сибири крупных химических, нефтехимических, лесопромышленных, горнорудных, топливно-энергетических комплексов вызвало необходимость разработки научно – практических мероприятий по охране здоровья работников. В связи с этим в феврале 1960 г. приказом МЗ РСФСР в Ангарске был организован научно – исследовательский институт гигиены труда и профессиональных заболеваний. Так была заложена основа для создания гигиенической научно-исследовательской базы в Восточной Сибири.
В 1987 г. Институт вошел в состав Восточно-Сибирского научного центра Российской Академии медицинских наук. В соответствии с решением Бюро Высшего экологического Совета при Комитете по экологии Государственной думы Федерального собрания РФ от 11.01.95 г. Институт является полномочным представителем данного Совета в Восточно-Сибирском и Дальневосточном регионах.